Além de cursar com aproveitamento um mínimo de 360 h em disciplinas e de participar dos encontros presenciais obrigatórios, o cursista precisará defender seu trabalho de conclusão de curso perante uma banca composta pelo seu orientador, que será, obrigatoriamente, um docente do CEEQuim, por pelo menos mais um professor do CEEQuim e por um terceiro membro que necessariamente não pode ser docente do CEEQuim e que deve possuir, no mínimo, o título de Mestre.

O trabalho de conclusão de curso será redigido na forma de uma monografia, onde deverão ser descritos a metodologia e os resultados do projeto de pesquisa desenvolvido pelo cursista sob a orientação de um docente do CEEQuim de sua escolha. A pesquisa deverá versar, obrigatoriamente, sobre questões diretamente relacionadas ao Ensino de Química e que, preferencialmente, tenham sido desenvolvidas nas escolas onde o cursista atua como docente.

Após o encerramento do terceiro período letivo, o cursista terá até 16 semanas para a defesa de seu trabalho de conclusão de curso. Findo este prazo, caso o cursista não realize a defesa, sua matrícula é cancelada por insuficiência de desempenho acadêmico, não sendo possível defendê-la em outra data.